Beckyのフィルタリングよりも先にMSweeperで迷惑メール判定はできませんか？
可能です。
Beckyの[ツール]-[フィルタリングマネージャ]を選択して頂き、
X-Sweeperヘッダーに関するルールの優先度を上げてください。
優先度の上げ方は、対象のルールを選択した状態で、
ウィンドウ右にあります[↑ルールを上に]を押してください。
ありがとうございました、ほぼ完璧に近い振り分けができました。
ただ深海魚フィルタも入れているのですが、迷惑メールの判定結果がMSweeperと異なる場合があるので、若干調整が必要になります。
深海魚フィルタは外しておいたほうがいいですかね。
深海魚フィルターで使われているベイジアンフィルターは
MSweeperでも実装されていますので、不要であれば外してしまって構いません。